雨季期间，由于空气湿度较高，干辣椒容易吸湿霉变，因此需根据不同地区的湿度条件采取科学的储存方法，以维护其品质。
在湿度较高的地区（如南方梅雨季，湿度≥75%），建议先进行预处理：将干辣椒平铺在阴凉通风处晾晒1至2天，或者用烤箱以60℃低温烘干约30分钟，以去除多余水分。储存时建议选择带硅胶密封圈的玻璃罐或厚实的PE密封袋，并按照每500克辣椒加入50克食品级干燥剂的标准密封，同时将其置于衣柜顶部等环境干燥且远离地面的地方，并每周开罐通风一次，以防止冷凝水导致霉菌滋生。 
在湿度较低的地区（如北方，湿度≤60%），可以选择更为简便的储存方式：将干辣椒装入透气的棉布袋后悬挂在厨房阴凉处保存即可。如果遇到连续的阴雨天气，可在存放环境中放置一些生石灰以吸湿，无需频繁翻动，这样既能够保持辣椒的香气，也能避免过度干燥导致辣味减弱。 无论身处哪个地区，存放干辣椒时都需注意：避免将其与酱油、醋等湿润食材一同存放，并在每次取用后立即密封容器，从源头阻止潮气侵入，以确保在雨季期间干辣椒依然保持干燥香醇。
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